传说寺址是达赖剌嘛占卜求神所定,神示曰:"林木深幽现清泉,天降金鹜嬉其间"所以游人进寺,会见到清泉淙淙,终年不涸,并能常见一对金鹬在寺院出双入对。寺名为五世达赖剌嘛所赐。"噶丹"表示传承黄教祖师宗喀巴首建立之噶丹寺;"松赞"即指天界三神帝释、猛利和娄宿游所;"林"即"寺"。整个含可理解为:"一切显密非一次修成,为使无垢之法源尖不断地惠及众生,使之圆满,特建此寺"。松赞林寺成为本地区政教合一制度的最高机构,成为滇、藏、川藏区佛、法僧"三宝"务的殊胜道场,各地到北朝圣的信徒也是终年络绎不绝,香火极盛。